مرکز اسناد و مدارک علمی (کتابخانه مرکزی) دانشگاه شاهد، در سال 1369 در ساختمانی واقع در خیابان شهدای ژاندارمری تهران تأسیس شد. در سال 1382 و همزمان با انتقال برخی از دانشکده‌های این دانشگاه به محل جدید واقع در پردیس دانشگاه شاهد (طرح جامع)، مجموعه جدید مرکز اسناد و مدارک علمی، مشتمل بر مجموعه منابع کتابخانه مرکزی، کتابخانه دانشکده علوم انسانی و کتابخانه دانشکده علوم پایه، به مکان فعلی واقع در جنب دانشکده علوم انسانی، انتقال یافت. هم اکنون این مرکز و کتابخانه‌های وابسته آن (دانشکده‌ای و بیمارستانی) با هدف ارائه هر چه بهتر خدمات به کاربران، در بخش‌های مختلف مشغول فعالیت هستند.